ActiveAdminのgithubをみたら0.5.0がリリースされていたので更新しました。
結構うれしいのはCHANGELOGのこの部分ですね。
All CSS is now encapsulated under the body.active_admin class. This may change the precedence of styles that you created to override or use in other areas of your application.
ActiveAdminの0.4.4の頃はActiveAdminのCSSがデフォルトの状態だと、アプリケーション全体に適応されてしまっていました。
0.5.0の更新によって body.active_admin の名前空間内で定義されるようになったので管理画面のみに適応されるようになっていました。
※追記
menuのparent周りがうまく動かなくて調べてる
目当てのcssがフロントに影響しないだけを実現したいなら下記対応をするとよい
$ git mv app/assets/stylesheets/active_admin.css.scss ./vendor/assets/stylesheets/
ActiveAdmin